Secara umumnya, mengerjakan Solat Sunat Istikharah adalah hampir serupa dengan solat-solat sunat 2 rakaat yang lain. Cuma boleh dipanjangkan waktu sujud di akhir solat bagi meminta dalam hati kepada Allah tanpa perlu berkata-kata zahir tentang perkara yang dihajati. Apabila selesai salam, barulang berdoa dengan doa Istikharah dan melafazkan dengan zahir hajat yang diperlukan.

Pelaku solat hendaklah sebelum mengerjakan solat, bahawa ianya telah bebas dari hadas dan najis, memakai pakaian yang bersih dan menutup aurat dan telah bersuci bersih dan berwuduk.

Rakaat Pertama

1) Berniat di dalam hati untuk mengerjakan Solat Sunat Istikharah

2) Takbiratul Ihram

3) Doa Iftitah

4) Membaca surah al-Fatihah

5) Membaca Surah al-Qur’an

6) Rukuk

7) Iktidal

8) Sujud

9) Duduk antara dua sujud

10) Sujud kali kedua

11) Bangun untuk rakaat kedua

Rakaat Kedua

1) Ulang seperti rakaat pada pertama dari nombor (4) hingga (10)

2) Duduk untuk tahiyyat akhir

3) Memberi salam ke kanan dan ke kiri

4) Membaca doa Istikharah

5) Tertib

Solat Sunat Istikharah ini boleh juga dikerjakan secara khusus (pada waktu-waktu yang diperlukan/mendesak) atau semasa mengerjakan solat-solat sunat seperti solat Rawatib, Tahiyyatul Masjid dan lain-lain. Sebagai contohnya setelah mengerjakan solat Tahiyyatul Masjid langsung kita membaca doa Istikharah tersebut. Hal ini adalah dibenarkan. Menurut al-‘Iraqi rahimahullah:

Jika keinginan melakukan sesuatu muncul sebelum mengerjakan solat sunat Rawatib atau yang semisalnya, lalu dia mengerjakan solat tanpa niat Istikharah, namun setelah solat timbul keinginan untuk memanjatkan doa Istikharah, maka secara zahir hal tersebut sudah mencukupi.– Rujuk al-Adzkaar, jilid 3, ms. 354. Penulis nukil dari Kitab Bughyat al-Mutatowwi Fi Solah al-Tatowwu' karya Syeikh Muhammad bin ‘Umar Salim Bazmul, ms. 137.